يعتبر مدير المؤسسة الآمر بصرف نفقاتها والآمر بقبض مواردها، كما يقوم بإعداد مشروع الميزانية الذي يعرضه على مجلس المؤسسة للمصادقة.
يساعد المدير في القيام بمهامه ذات الطابع المالي مدير مالي مساعد، ويقوم من أجل ذلك بمسك حسابات المؤسسة، وإعداد جميع الوثائق المالية والمحاسبية والعمل على حفظها، بالإضافة إلى إنجاز تقرير سنوي عن النشاط المالي للمؤسسة لعرضه على مجلسها من أجل المصادقة.
على المستوى الجهوي، يعتبر رئيس الوحدة الإدارية الجهوية آمرا مساعدا بالصرف، ويكلف أحد عضوي الوحدة الإدارية الجهوية بمسك حساباتها، وحفظ وثائقها المالية والمحاسبية.
1- مـــــوارد المؤسســــة
تتوزع موارد المؤسسة على الشكل التالي:
• واجبات اشتراكات الأعضاء المنخرطين؛
• المساهمات المالية للأعضاء المنخرطين عند الاقتضاء؛
• الإعانة المالية السنوية التي تمنحها الدولة؛
• عائدات الأملاك المحبسة على المؤسسة؛
• الإعانة المالية التي تحددها وتمنحها كل سنة وزارة الأوقاف والشؤون الإسلامية من مداخيل الأوقاف العامة؛
• الهبات والوصايا والعائدات المختلفة؛
• الرسوم شبه الضريبية التي يمكن فرضها لفائدة المؤسسة، أي المبالغ التي توصي الدولة باقتطاعها أو قبضها لتمويل مشاريع المؤسسة؛
• المداخيل المختلفة خصوصا المتأتية من ممتلكات المؤسسة؛
• الإعانات المالية غير إعانات الدولة.
يجوز للمؤسسة أن تمتلك المنقولات والعقارات اللازمة للقيام بمهامها، ويجوز للدولة والجماعات المحلية والأشخاص الآخرين الخاضعين للقانون العام أن يضعوا رهن تصرف المؤسسة بالمجان المنقولات والعقارات التي قد تحتاج إليها في القيام بمهامها، ويتعين على السادة رؤساء الوحدات الإدارية الجهوية الإسهام في تفعيل هذه المقتضيات.
على مستوى النظام الضريبي، فإن المؤسسة ومواردها تخضع لنفس النظام المطبق على الجمعيات ذات المنفعة العامة، بما في ذلك الاستفادة من الإعفاءات الضريبية كالضريبة على الشركات والضريبة على القيمة المضافة.
ويجوز للمؤسسة التماس الإحسان العمومي شريطة إخبار وزير الأوقاف والشؤون الإسلامية، والتصريح بذلك سلفا لدى الأمانة العامة للحكومة.
2- نفقـــات المؤسســـة
تتوزع نفقات المؤسسة على الشكل التالي:
• النفقات اللازمة لإنجاز برامج المؤسسة؛
• نفقات التسيير؛
• نفقات التجهيز.
